El señor feudal del país del Fuego es la máxima autoridad del país aunque no tiene control real sobre el ejército de ninjas.

El Hokage está encargado de dirigir tanto el ejército de ninjas del país del Fuego como el gobierno civil de la villa oculta de la Hoja. Como ninja solo entra en acción cuando la villa oculta es atacada o en caso de guerra.

El consejo ninja está formado por un grupo de jounins muy experimentados en todo tipo de materias tanto militares como civiles. Se encargan de aconsejar al líder de la villa y también pueden controlarle para evitar abuso de poder por su parte. El consejo ninja se encarga de las tareas propias del líder de la villa cuando este no puede realizar dichas tareas. Cuando el líder muere o desaparece dejando el cargo abandonado, el consejo ninja se encarga de elegir y nombrar al nuevo líder de la villa.

El ANBU, Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai traducido literalmente "Fuerza militar especialista en tácticas de asesinatos", son un cuerpo especial de las villas ocultas ninja que se encuentra bajo las órdenes directas del líder de la villa. El ANBU esta encargado de misiones de asesinatos y misiones de alta peligrosidad. Llevan máscaras que les cubren completamente la cara, ropa y protecciones iguales en todos los ANBU, y utilizan nombres en clave, para asi evitar ser reconocidos durante sus misiones.

Dentro del ANBU hay varios rangos de entre los cuales por ahora se conocen:

• Capitán del ANBU: encargado de un escuadrón.
• Miembro del ANBU: lo que vendrían a ser los soldados rasos dentro de esta organización.

ANBU Ne (la Raíz del ANBU) es una subsección del ANBU. Por ahora se desconoce si existe en más villas aparte de la villa oculta de la Hoja.
A diferencia del ANBU, la Raíz no está bajo las órdenes del líder de la villa oculta, sino que se encuentra única y exclusivamente bajo las órdenes del líder de la Raíz, que en el caso de la villa oculta de la Hoja dicho cargo está ocupado por Danzou. Actuán de forma secreta para mantener y proteger el orden de la villa sin que ninguna otra rama de la misma villa se entere de sus acciones.

Los ninjas cazadores son un grupo bastante similar al ANBU solo que en este caso se encargan única y exclusivamente de asesinar a los ninjas desertores. Son especialistas en asesinatos rápidos y precisos, y por tanto son muy conocedores de la anatomía humana. Al igual que ocurre con el ANBU, los ninjas cazadores llevan máscaras que les cubren el rostro.

La policia de las villas ocultas está formada por ninjas de la propia villa. Su misión es velar por la seguridad de los civiles dentro de la propia villa. Su símbolo es una estrella azul de cuatro puntas con el símbolo del clan Uchiha en el centro, debido a que la policía de Konoha fue fundada por los Uchiha.

Los Nijyuu Shoutai o los "Veinte Guardianes" son un grupo de 20 ninjas de élite asignados a la protección del Daimyo. Su distintivo consiste en un pañuelo atado a la cintura a modo de cinturon con el símbolo del fuego escrito en el mismo.

Los jounin especialistas son ninjas de alto nivel especializados en una determinada materia, por ejemplo, Morino Ibiki es un jounin especializado en torturas e interrogatorios. En el resto de facetas son iguales que cualquier otro jounin.

Los jounin son ninjas de alto nivel a los cuales se les encargan de manera casi exclusiva las misiones de rango A. Tienen categoría suficiente para tener bajo su mando un grupo de ninjas de cualquier categoría (genin, chuunin o jounin). En varias ocasiones algunos jounin son asignados como líderes de un grupo de genins recién salido de la academia para que actuen también a modo de maestro. También son asignados algunos jounin para encargarse de dirigir los éxamenes de chuunin.

Los chuunin son ninjas de nivel medio a los cuales se les encargan misiones de rango B o C. Tienen categoría suficiente para tener bajo su mando un grupo de genin y en varias ocasiones son asignados algunos para ayudar a los jounin encargados de los éxamenes de chuunin. Los profesores de la academia ninja son todos ninjas de grado medio.

Cuando un ninja alcanza el grado de chuunin adquiere un chaleco que pese a no ser obligatorio, resulta adecuado como distintivo de los ninjas con suficiente categoría como para dirigir un equipo de ninjas.

Los genin son ninjas de bajo nivel a los cuales se les encargan casi únicamente misiones de rango C o D. Generalmente están bajo las órdenes de un chuunin o de un jounin durante las misiones, ya que no tienen categoria suficiente para dirigir equipos por si solos.

Los aprendices ninja son el rango más bajo de todos los ninjas, ya que aún están aprendiendo los conocimientos básicos que todo ninja debe conocer. Están bajo las órdenes de los chuunins encargados como profesores de la academia ninja y nunca son enviados a ningún tipo de misión real.